天后宮興建於光緒14年（1888），由官府出資，加上民間捐款所建， 座落於當時全台政治核心的台北城內。 1895年6月，日軍進入台北城，廟址被軍隊徵收轉為他用。 

              1905年，總督府公告市區計劃，擴大台北公園（新公園）的範圍，天后宮成了公園預定地。 雖然天后宮沒有立即被拆除，隨後幾年之間，幾次颱風水災，天后宮屢屢受損，而由於位於公園預定地上， 因此未予整修，任其荒廢凋敝，後來終於因過於殘破而遭到拆除的命運。

            拆除天后宮剩下的礎石、石珠等遺構，散落於新公園內，成為石椅或園景裝飾，遺跡至今仍然可見。 部份石材則被搬至台灣總督府官邸（今台北賓館）做為修建庭園的石材。民國93年（2004）， 台北賓館整修庭園時，挖出一些石材，經學者查證，確認就是來自於台北府天后宮的建築遺構。

             天后宮拆除之後，原供奉的金面媽祖神像被請至三芝福成宮奉祀。